From: Michael R. Crusoe <michael.crusoe@gmail.com>
Subject: allow builders to inject CXXFLAGS & CPPFLAGS
--- ataqv.orig/Makefile
+++ ataqv/Makefile
@@ -35,9 +35,9 @@
 # FLAGS
 #
 
-CPPFLAGS = -pedantic -Wall -Wextra -Wwrite-strings -Wstrict-overflow -fno-strict-aliasing -fPIC $(INCLUDES)
-CXXFLAGS = -std=c++11 -pthread -O3 -g $(CPPFLAGS)
-CXXFLAGS_DEV = -std=c++11 -pthread -O3 -g $(CPPFLAGS)
+CPPFLAGS += -pedantic -Wall -Wextra -Wwrite-strings -Wstrict-overflow -fno-strict-aliasing -fPIC $(INCLUDES)
+CXXFLAGS += -std=c++11 -pthread -O3 -g $(CPPFLAGS)
+CXXFLAGS_DEV = $(CXXFLAGS)  # -std=c++11 -pthread -O3 -g $(CPPFLAGS)
 CXXFLAGS_STATIC = -std=c++11 -O3 -Wl,--whole-archive -lpthread -Wl,--no-whole-archive -static -static-libgcc -static-libstdc++ -I$(HTSLIB_STATIC_DIR) $(CPPFLAGS)
 
 #
@@ -165,7 +165,7 @@
 	@mkdir -p $@
 
 $(BUILD_DIR)/ataqv: $(BUILD_DIR)/ataqv.o $(BUILD_DIR)/Features.o $(BUILD_DIR)/HTS.o $(BUILD_DIR)/IO.o $(BUILD_DIR)/Metrics.o $(BUILD_DIR)/Peaks.o $(BUILD_DIR)/Utils.o
-	$(CXX) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(LDLIBS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(LDLIBS)
 
 $(BUILD_DIR)/ataqv-static: $(CPP_DIR)/ataqv.cpp $(CPP_DIR)/Features.cpp $(CPP_DIR)/HTS.cpp $(CPP_DIR)/IO.cpp $(CPP_DIR)/Metrics.cpp $(CPP_DIR)/Peaks.cpp $(CPP_DIR)/Utils.cpp
 	$(CXX) -o $@ $^ $(CXXFLAGS_STATIC) $(LDFLAGS) $(LDLIBS_STATIC)
@@ -188,7 +188,7 @@
 	@cd $(TEST_DIR) && lcov --no-external --quiet --capture --derive-func-data --directory $(CPP_DIR) --directory . --output-file ataqv.info && lcov --remove ataqv.info $(CPP_DIR)/catch.hpp --output-file ataqv.info && lcov --remove ataqv.info $(CPP_DIR)/json.hpp --output-file ataqv.info && genhtml ataqv.info -o ataqv
 
 $(TEST_DIR)/run_ataqv_tests: $(TEST_DIR)/run_ataqv_tests.o $(TEST_DIR)/test_features.o $(TEST_DIR)/test_hts.o $(TEST_DIR)/test_io.o $(TEST_DIR)/test_metrics.o $(TEST_DIR)/test_peaks.o $(TEST_DIR)/test_utils.o $(TEST_DIR)/Features.o $(TEST_DIR)/HTS.o $(TEST_DIR)/IO.o $(TEST_DIR)/Metrics.o $(TEST_DIR)/Peaks.o $(TEST_DIR)/Utils.o
-	$(CXX) -o $@ $^ $(LDFLAGS) --coverage $(LDLIBS)
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) -o $@ $^ $(LDFLAGS) --coverage $(LDLIBS)
 
 $(TEST_DIR)/%.o: $(CPP_DIR)/%.cpp $(SRC_HPP)
 	$(CXX)  $(CXXFLAGS_DEV) -fprofile-arcs -ftest-coverage -o $@ -c $<
@@ -201,7 +201,6 @@
 
 install-ataqv: $(BUILD_DIR)/ataqv
 	@echo "Installing to $(prefix)"
-	strip $(BUILD_DIR)/ataqv
 	install -d -m 0755 $(DESTDIR)$(prefix)/bin
 	install -m 0755 build/ataqv $(DESTDIR)$(prefix)/bin
 
